Chương trình mục tiêu quốc gia giải quyết các vấn đề cấp bách liên ngành, liên vùng.

Các vấn đề được chọn để giải quyết bằng Chương trình MTQG là những vấn đề có tính cấp bách, liên ngành, liên vùng và có tầm quan trọng đối với sự phát triển kinh tế - xã hội chung của đất nước mà Chính phủ phải tập trung nguồn lực và sự chỉ đạo để giải quyết. Danh mục các Chương trình MTQG do Thủ tướng Chính phủ ban hành sau khi được Quốc hội thông qua.

Theo quy chế, Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính và các Bộ, ngành liên quan tổ chức thẩm định các Chương trình MTQG trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.

Căn cứ vào các nhóm mục tiêu cụ thể của Chương trình MTQG, cơ quan quản lý chương trình hướng dẫn cơ quan quản lý dự án lập, thẩm định, phê duyệt nội dung chi tiết của từng dự án trong danh mục các dự án thuộc chương trình.

Để tổ chức thực hiện Chương trình MTQG, mỗi chương trình được thành lập một Ban Quản lý do Thủ trưởng cơ quan quản lý chương trình ra quyết định thành lập. Trong trường hợp Chương trình MTQG rất quan trọng, có tính chất liên ngành rộng thì Thủ tướng Chính phủ ra quyết định thành lập Ban Chỉ đạo và Trưởng Ban Chỉ đạo là  Phó Thủ tướng. Tại các địa phương thành lập Ban Chỉ đạo các Chương trình MTQG do lãnh đạo UBND cấp tỉnh làm Trưởng ban.

Quy chế nêu rõ, theo dõi, giám sát, đánh giá Chương trình MTQG, các dự án thuộc chương trình là hoạt động thường xuyên của cơ quan quản lý và cơ quan thực hiện chương trình.

Toàn bộ các thông tin liên quan đến tình hình thực hiện chương trình phải được định kỳ cập nhật, phân loại và phân tích để kịp thời đề xuất các phương án phục vụ việc ra quyết định của các cấp quản lý nhằm bảo đảm chương trình được thực hiện đúng mục tiêu, tiến độ, có chất lượng và trong khuôn khổ các nguồn lực đã được xác định.

Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan giúp Thủ tướng Chính phủ điều phối các hoạt động thực hiện Chương trình MTQG.