Bảo quản và chế biến nông sản đóng vai trò then chốt trong sản xuất nông nghiệp hàng hóa, nâng cao thu nhập cho nông dân. Tuy nhiên, trong một khảo sát mới đây của Chi cục Phát triển nông thôn Hà Nội cho thấy, hầu hết các cơ sở bảo quản, chế biến (BQCB) nông sản trên địa bàn TP có quy mô nhỏ, trình độ công nghệ ở mức trung bình và lạc hậu. Theo Chi cục Phát triển nông thôn Hà Nội, ở 19 huyện, thị xã ngoại thành Hà Nội hiện có 15.777 cơ sở BQCB nông sản với gần 42 nghìn lao động tham gia. Trong số này, cơ sở chế biến thực phẩm (giò, chả, bún, bánh…) có số lượng nhiều nhất với gần 7.000 cơ sở; tiếp đến là hơn 3.000 cơ sở chế biến chè; tinh bột sắn, dong riềng gần 2.000 cơ sở; giết mổ, chế biến thịt 1.902; lúa, gạo, ngô 1.759, còn lại là chế biến rau quả và thức ăn chăn nuôi. Có số lượng cơ sở lớn như vậy nhưng phần lớn là quy mô hộ cá thể (chiếm 95%) nên sản xuất nhỏ lẻ, thiếu đồng bộ, phát triển tự phát; áp dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật vào sản xuất khó khăn, vẫn chỉ là bán cơ giới kết hợp với thủ công khiến năng suất, chất lượng nông sản thấp (mới có 5,5% số cơ sở có trình độ công nghệ hiện đại).
Ngoài ra, lĩnh vực này cũng đang gặp nhiều khó khăn về quy hoạch phát triển; chất lượng và mẫu mã; tiếp thị, xúc tiến thương mại, thiếu vốn sản xuất (tỷ lệ cơ sở có nhu cầu vay vốn dài hạn chiếm 80 đến 90%, hiện tại chủ yếu là vốn tự có, chiếm 70%). Điều tra ở 200 cơ sở cho thấy, chủ cơ sở không có chuyên môn kỹ thuật chiếm 70,8%, hiểu biết về pháp luật trong kinh doanh chỉ chiếm 20%. Thực tế này khiến nông sản làm ra có giá trị thấp, chủ yếu là nội tiêu (chiếm 96%), xuất khẩu dưới dạng thô, sản phẩm không đa dạng, khả năng cạnh tranh yếu…
Phó Chi cục trưởng Chi cục Phát triển nông thôn Hà Nội Nguyễn Ngọc Long nhận định, BQCB nông sản còn nhiều tồn tại là do công tác quy hoạch cơ sở sản xuất, loại hình sản phẩm chế biến và vùng nguyên liệu chưa được quan tâm đúng mức. Hơn nữa, công tác quản lý nhà nước còn bất cập, chưa có đầu mối quản lý theo dõi tới cấp huyện, xã để có thông tin báo cáo, đánh giá thực trạng, đề xuất giải pháp phát triển. Ông Nguyễn Văn Minh, một người dân xã Tây Tựu (huyện Từ Liêm) đang thuê đất ruộng trồng hoa tại xã Yên Sở (huyện Hoài Đức) cho rằng, nếu để chúng tôi "tự bơi" với sản phẩm sản xuất ra thì rất thiệt thòi vì nông dân không thể tự áp dụng công nghệ, xây dựng thương hiệu, tiếp cận thị trường cho nông sản.