Năm 2008, Năm chỉ đạo nhân viên lập hai hợp đồng khống khác ký với Công ty CP tư vấn và đào tạo phát triển nguồn nhân lực (trị giá hợp đồng 137 triệu đồng); Công ty CP thời trang Thiên Quang (trị giá hợp đồng 51 triệu đồng), để đào tạo cán bộ và mua đồng phục. Thực tế, Năm đã sử dụng hóa đơn GTGT để hợp thức hóa chiếm đoạt số tiền này.
Ðược biết, ngày 20-11-2009, Ðại hội đồng cổ đông của Công ty Bảo Minh có quyết định trích 300 triệu đồng từ lợi nhuận sau thuế để thưởng cho khách hàng. Năm chỉ đạo Nguyễn Văn Hiệp, thủ quỹ công ty làm phiếu chi rút 174 triệu đồng trong số tiền trích thưởng trên cho Năm. Tháng 5-2009, Năm tiếp tục chỉ đạo Trần Văn Hanh duyệt chi 41 triệu đồng để mua điện thoại di động trang bị cho các trưởng phòng. Nhưng khi công ty xuất tiền, Năm đã chiếm đoạt số tiền này.
Hiện Lê Trọng Năm đã khai nhận các hành vi sai phạm của mình, nộp 500 triệu đồng để khắc phục hậu quả.